MANIS telah diasaskan oleh Ustaz Hj. Mohamad Adnan b. Hj. Abdullah bersama beberapa orang rakan sefahaman dengan sokongan masyarakat setempat pada tahun 1417 Hijrah bersamaan 1998 Masehi. MANIS bertempat di No. 55, Kampung Kekra, Daerah Raman, Yala Selatan Thailand iaitu kira-kira 130 km dari Pekan Rantau Panjang, Kelantan. Ia juga terletak 65km sebelum Pekan Pattani, 45km sebelum pekan Yala atau 65km dari Pekan Narathiwat. Pada permulaannya, bangunan sekolah hanya merupakan  bangunan buloh dengan atap sagu yang dibina sekadar termampu di atas sebidang tanah seluas kira-kira satu ekar. Bangunan yang tidak sempurna inilah yang menjadi kelas kepada 18 orang pelajar. Ianya juga dilengkapi dengan sebuah mussalla. Manakala kediaman pelajar merupakan pondok-pondok kecil yang dibina berasingan dalam kawasan Madrasah.

Oleh kerana pembinaan yang tidak begitu kemas, bangunan utama ini telah runtuh pada tahun 2001. Bagaimanapun langkah-langkah segera telah dilakukan dengan membina sekali lagi bangunan papan untuk menempatkan kelas belajar dan musala di atas tapak bersebelahan. Dengan sebab yang demikian, juga kami memikirkan untuk memantapkan lagi usaha kebajikan ini. Saya dan rakan-rakan merancang untuk membina bangunan kekal dan memperluaskan lagi kawasan madrasah.

Demi memantapkan program, MNI telah merancang bagi membina bangunan yang lebih baik bagi menggantikan bangunan-bangunan sedia ada dan juga membina program-program penjanaan ekonomi. Pihak pengurusan sedang berusaha bagi mencari dana sebanyak RM 3 juta bagi tujuan tersebut. Rangka kerja dan anggaran kos adalah seperti berikut:

Sistem pembelajaran di MNI bermula Ibtida’i sehingga senawi . Dengan ini pelajar cemerlang berpeluang melanjutkan pengajian tinggi di Thailand mahupun luar negara. Subjek yang diajar dan sistem peperiksaan adalah diiktiraf oleh Majlis Agama Islam di Thailand.